吉林长春长生公司问题疫苗案件暴露出原国家食品药品监督管理总局、国家药品监督管理局相关工作人员监管不到位、监督指导不力、审查把关不严、失察失责等诸多漏洞。2018年8月17日，经国家市场监督管理总局党组会议研究决定：
对原国家食品药品监督管理总局（国家药品监督管理局）药品化妆品监管司司长、食品药品审核查验中心主任丁建华予以免职；
对原国家食品药品监督管理总局（国家药品监督管理局）药品化妆品监管司副司长董润生予以免职；
对原国家食品药品监督管理总局（国家药品监督管理局）药品化妆品监管司副司长孙京林（2014年11月至2017年4月任原国家食品药品监督管理总局食品药品审核查验中心副主任）予以免职；
对原国家食品药品监督管理总局（国家药品监督管理局）药品化妆品监管司特殊药品监管处处长叶国庆予以免职；
对原国家食品药品监督管理总局（国家药品监督管理局）药品化妆品监管司特殊药品监管处调研员郭秀侠予以免职；
对中国食品药品检定研究院副院长王佑春予以免职；
责成中国食品药品检定研究院（原国家食品药品监督管理总局医疗器械标准管理中心）院长（主任）李波做出深刻检查。
中共中央政治局常务委员会8月16日召开会议，听取关于吉林长春长生公司问题疫苗案件调查及有关问责情况的汇报。中共中央总书记习近平主持会议并发表重要讲话。
会议同意，对金育辉（吉林省副省长，2017年4月起分管吉林省食品药品监管工作）予以免职，对李晋修（吉林省政协副主席，2015年12月-2017年4月任分管吉林省食品药品监管工作的副省长）责令辞职，要求刘长龙（长春市市长，2016年9月任长春市代市长，2016年10月至今任长春市市长）、毕井泉（市场监管总局党组书记、副局长，2015年2月-2018年3月任原食品药品监管总局局长）引咎辞职，要求姜治莹（吉林省委常委、延边朝鲜族自治州委书记，2012年3月-2016年5月任长春市委副书记、市长）、焦红（国家药监局局长）作出深刻检查；对35名非中管干部进行问责；决定中央纪委国家监委对吴浈（原食品药品监管总局副局长、原卫生计生委副主任，分管药化注册管理、药化监管和审核检验等工作）进行立案审查调查。会议责成吉林省委和省政府、国家药监局向中共中央、国务院作出深刻检查。
吉林省和长春市分别对长生疫苗案件相关人员作出组织处理
16日，吉林省和长春市分别对长生疫苗案件中履行监管职责不力、履行属地管理职责不力负有直接责任和领导责任的相关人员作出组织处理。
决定按法定程序免去郭洪志担任的吉林省食品药品监督管理局党组书记、局长职务，白绪贵担任的吉林省工信厅党组书记、厅长职务（2016年4月至2018年2月任分管药监工作的长春市副市长），曾向东担任的吉林省食品药品监督管理局党组成员、副局长职务，闫海江担任的吉林省食品药品监督管理局党组成员、副局长职务；责令长春市副市长、市公安局局长吕锋（2018年2月临时代管药监工作，2018年4月至今分管药监工作）向吉林省委、省政府和长春市委、市政府做出深刻检查。
按规定程序免去唐若迪担任的长春市食品药品监督管理局党组书记、局长职务，张文革担任的长春市食品药品监督管理局党组成员、副局长职务，周福云担任的长春市食品药品监督管理局餐饮服务监管处处长职务，于百川担任的长春市食品药品监督管理局高新区分局分党组成员、副局长职务；责令长春高新区党工委书记、管委会主任赵旭，长春新区党工委委员、管委会副主任杨文俊（2017年6月任长春新区管委会副主任，负责联系长春市食药监局高新分局），长春经开区党工委委员、管委会副主任于振波（2014年2月至2017年6月任长春高新区管委会副主任，负责联系长春市食药监局高新分局），长春市食品药品监督管理局高新区分局分党组书记、局长陈铁等人辞职。
